Về hợp tác nông nghiệp trong ASEAN, Hội nghị các Bộ trưởng Nông lâm ASEAN (AMAF) được họp hàng năm. Tại AMAF-31 được tổ chức tại Brunei Darussalam vào tháng 10/2009, Bộ trưởng Nông lâm các nước ASEAN đã ký Bản ghi nhớ hợp tác về xúc tiến thương mại nông lâm sản ASEAN giai đoạn 2009 - 2014, gồm các nội dung chính: i) các nước thành viên thực thi các nỗ lực chung nhằm xúc tiến thương mại nông lâm sản trên thị trường quốc tế; ii) cam kết tham vấn và hợp tác lẫn nhau nhằm tạo ra một vị thế ASEAN chung trên các diễn đàn quốc tế về các vấn đề liên quan đến nông lâm sản; iii) đẩy mạnh tham vấn và hợp tác nhằm tăng cường thương mại nội khối ASEAN; iv) nâng cao tính cạnh tranh của nông lâm sản,…
Năm 2012, ASEAN+3 ký Hiệp định Quỹ dự trữ gạo khẩn cấp ASEAN+3 (APTERR), các nước thành viên sẽ đảm bảo dự trữ 787.000 tấn gạo nhằm tăng cường khả năng ứng phó khẩn cấp trong tình huống xảy ra bất ổn về sản xuất và nguồn cung cấp gạo do tác động của thiên tai. Trong số này, Trung Quốc, Nhật Bản và Hàn Quốc lần lượt đóng góp 300.000 tấn, 250.000 tấn và 150.000 tấn. Các nước ASEAN góp 87.000 tấn, trong đó Thái Lan góp 15.000 tấn; Việt Nam và Myanmar mỗi nước góp 14.000 tấn; tiếp đến là Indonesia và Philippines (12.000 tấn/nước), Lào, Campuchia và Brunei (3.000 tấn/nước) và cuối cùng là Malaysia, Singapore lần lượt góp 6.000 tấn và 5.000 tấn.
Đáng chú ý, triển khai Chiến lược hợp tác ASEAN+3 về lương thực, nông nghiệp và lâm nghiệp giai đoạn 2016 - 2025 nhằm đảm bảo an ninh lương thực và đời sống của người dân, khuyến khích phát triển bền vững trong các lĩnh vực nông lâm nghiệp, tăng cường hoạt động thương mại nông lâm sản, khắc phục những khó khăn và thách thức trong lĩnh vực này mà các nước thành viên ASEAN+3 đang phải đối mặt. Chiến lược hợp tác mới này được đưa ra để góp phần hướng tới sự nhận thức về Cộng đồng ASEAN 2025 và thúc đẩy sự hợp tác ASEAN +3 trên các lĩnh vực ưu tiên mà các bên cùng quan tâm. Các dự án hợp tác của ASEAN+3 đã góp phần hỗ trợ các nước thành viên thực hiện các mục tiêu phát triển như: xây dựng năng lực, thu hẹp khoảng cách phát triển, giảm nghèo, thúc đẩy thương mại về nông lâm thủy sản giữa các nước ASEAN+3.
Năm 2018, ASEAN cũng đã ký Nghị định thư sửa đổi Hiệp định Quỹ dự trữ gạo khẩn cấp ASEAN+3 (APTERR) và sửa đổi nội dung cho Bản ghi nhớ giữa Chính phủ các nước thành viên Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á và Chính phủ nước Cộng hòa nhân dân Trung Hoa về hợp tác nông nghiệp và thực phẩm; Bản ghi nhớ giữa các nước thành viên Hiệp hội các quốc gia Đông Nam Á và Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp của Liên hợp quốc về tăng cường hợp tác nông nghiệp và lâm nghiệp.
Một số nội dung ưu tiên trong lĩnh vực nông nghiệp như: Khung chính sách của ASEAN+3 liên quan đến thực phẩm, nông nghiệp và lâm nghiệp; các hoạt động hợp tác của AMAF+3 như vấn đề an ninh lương thực, quản lý rừng bền vững, ứng phó và thích nghi với biến đổi khí hậu, kiểm soát và quản lý dịch bệnh trên cây trồng, vật nuôi.
Về chủ đề An ninh lương thực trong ASEAN: Tại AEM Retreat (2-4/5/2008), các Bộ trưởng Kinh tế ASEAN đã ra một Tuyên bố chung về An ninh lương thực, bày tỏ quan ngại về tình hình giá gạo tăng cao cũng như sự khan hiếm gạo sẽ ảnh hưởng đến nền kinh tế của các nước thành viên và khẳng định cần có những biện pháp để bình ổn giá gạo và đảm bảo thực hành thương mại công bằng. Ngày 06/5/2008, Tổng thống Indonesia đề nghị tổ chức Hội nghị cấp cao ASEAN đặc biệt về an ninh lương thực để thảo luận biện pháp ứng phó và thúc đẩy hợp tác nhằm đảm bảo cung cấp lương thực cho ASEAN (tuy nhiên do tính cấp bách đã giảm nên không đề cập nữa).
Hội nghị cấp cao ASEAN lần thứ 14 và 15 và ASEAN+3 lần thứ 12 họp tại Thái Lan đã đưa ra các tuyên bố về: i) Chương trình Khung về an ninh lương thực tổng hợp ASEAN (AIFS); ii) Kế hoạch hành động Chiến lược về an ninh lương thực ASEAN (SPA-FS); iii) Tuyên bố Bangkok về an ninh lương thực Khu vực ASEAN. Đồng thời, ASEAN cũng thực hiện Quỹ gạo khẩn cấp ASEAN+3 nhằm cứu trợ khẩn cấp khi thiên tai. Ngoài ra, ASEAN cũng đang triển khai hệ thống an ninh lương thực ASEAN (AFSIS), cùng một số diễn đàn như: Diễn đàn thông tin cảnh báo sớm về an ninh lương thực, Hội nghị ASEAN+3 về diễn đàn khí sinh học, Hội nghị bàn tròn về chiến lược Hợp tác an ninh lương thực ASEAN+3.
Hiệp định thành lập Quỹ dự trữ gạo khẩn cấp ASEAN+3 được ký tháng 10/2011.
Hội nghị Thượng đỉnh ASEAN lần thứ 21 năm 2012, với tuyên bố an ninh lương thực vẫn là một thách thức lớn trong khối ASEAN vào thời điểm giá cả hàng hóa tăng cao và bất ổn kinh tế. ASEAN đã bắt đầu giải quyết những thách thức về an ninh lương thực thông qua việc thiết lập các cơ chế, thể chế như “Khung An ninh lương thực tổng hợp ASEAN” (AIFS) thành lập năm 2011. AIFS cung cấp cách tiếp cận thực tế đối với an ninh lương thực trong khu vực, ổn định giá lương thực và nguồn cung cấp trong nước và khu vực với các cơ chế cải tiến để đối phó với các trường hợp khẩn cấp về lương thực. AlFS được thành lập để phù hợp với Kế hoạch hành động chiến lược về an ninh lương thực (SPA-FS) nhằm đưa ra các hướng dẫn để giải quyết các vấn đề về an ninh lương thực trong khu vực.
Các quốc gia trong khu vực đã đề ra những chiến lược để đối phó với tình trạng này bao gồm: Chiến lược sản xuất đủ lương thực để duy trì nhu cầu lương thực trong nước; Chiến lược hỗ trợ mọi tầng lớp nhân dân tiếp cận lương thực đầy đủ mọi lúc, mọi nơi; Chiến lược thúc đẩy chất lượng lương thực, giảm lãng phí và sử dụng lương thực hợp lý; Chiến lược duy trì sản xuất lương thực bền vững và Chiến lược hỗ trợ phát triển an ninh lương thực và dinh dưỡng.
Ngoài ra, ASEAN còn thiết lập các sáng kiến như: Sáng kiến ASEAN về biến đổi khí hậu (ACCI); Khuôn khổ đa ngành của ASEAN về biến đổi khí hậu: Nông nghiệp và Lâm nghiệp đối với an ninh lương thực (AFCC) làm nền tảng trong việc thúc đẩy hợp tác lẫn nhau về biến đổi khí hậu và an ninh lương thực; Khuôn khổ AIFS và SPA-FS cho giai đoạn 2015 - 2020 đã liệt kê 9 mũi nhọn chiến lược bao gồm: (1) tăng cường an ninh lương thực trong đó có việc cứu trợ thiếu lương thực; (2) thúc đẩy thị trường lương thực thuận lợi; (3) củng cố hệ thống thông tin an ninh lương thực tổng hợp; (4) thúc đẩy sản xuất lương thực bền vững; (5) khuyến khích đầu tư vào ngành lương thực và nông nghiệp để đảm bảo an ninh lương thực; (6) xác định các vấn đề mới nổi liên quan đến an ninh lương thực; (7) sử dụng thông tin dinh dưỡng để hỗ trợ các chính sách liên quan đến an ninh lương thực; (8) cải thiện cơ chế quản lý và quản trị trong phát triển nông nghiệp và (9) xây dựng năng lực thực hiện, giám sát và đánh giá các chính sách nông nghiệp.
Việt Nam tham gia tích cực vào tất cả các hoạt động trong khuôn khổ hợp tác nông nghiệp ASEAN, đóng góp rất lớn vào phát triển nông nghiệp bền vững và thích ứng; nông nghiệp tuần hoàn; an ninh lương thực và dinh dưỡng ASEAN. Việt Nam đã chủ động khởi xướng và tham gia vào nhiều sáng kiến nông - lâm nghiệp ASEAN, nhất là Khung an ninh lương thực chung ASEAN (AIFS) và Kế hoạch hành động chiến lược về an ninh lương thực ASEAN (SPA-FS) 2021-2025. Việt Nam cũng khởi xướng chiến lược khu vực ASEAN về thúc đẩy năng lượng sinh khối và sáng kiến phát triển cộng đồng và làng nghề nông thôn ở khu vực ASEAN.